Kerjasama dengan Perguruan Tinggi Luar Negeri
| No | Mitra Unissula | Tahun | Keterangan |
| 1 | University of the Philippines | 2012 | Memorandum of Understanding Between University of the Philippines (UP Manila) and Sultan Agung Islamic University |
| 2 | Fatih University Turkey | 2011 | Protocol on International educational Cooperation Fatih University and UNISSULA |
| 3 | Myongji College-University Korea | 2011 | Academic Cooperation Agreement Myongji College-University Korea and UNISSULA |
| 4 | Sidi Mohammed Ben Abdellah University, Fez, Maroko | 2010 | Partnership Agreement “Twin University” Between Sidi Mohammed Ben Abdellah University and Sultan Agung Islamic University |
| 5 | Al Akhawayn University Ifrane, Morocco | 2010 | Memorandum of Understanding Between Al Akhawayn University and Sultan Agung Islamic University |
| 6 | Moulay Ismail University Meknes, Morocco | 2010 | Memorandum of Understanding between Moulay Ismail University and Sultan Agung Islamic University |
| 7 | Sidi Mohammed Ben Abdellah University, Fez Morocco | 2010 | Memorandum of Understanding between Sidi Mohammed Ben Abdellah University and Sultan Agung islamic University |
| 8 | Cadi Ayyad University, Marakech, Morocco | 2010 | Memorandum of Understanding between Cadi Ayyad University and Sultan Agung Islamic University |
| 9 | Hiroshima University Hospital, Japan | 2009 | Letter of Intent between Hiroshima University Hospital Sultan Agung Islamic University |
| 10 | Universiti Teknologi Malaysia | 2008 | Statement of Intent between Industrial technology Faculty of UNISSULA and Faculty of Computer Sciense and Information System Universiti Teknologi Malaysia |
| 11 | Universiti Teknologi Malaysia | 2000 | Statement of intent for cooperation |
Kerjasama dengan Perguruan Tinggi Dalam Negeri
| No | Mitra Unissula | Tahun | Keterangan |
| 1 | UNPAD | 2010 | Perjanjian pelaksanaan kerjasama (Farmasi) |
| 2 | UNPAD | 2010 | Kerjasama dan saling menunjang dalam melaksanakan tugas kedua belah pihak, sesuai dengan fungsi dan kewenangan masing-masing |
| 3 | UNAIR | 2009 | Kerjasama dalam pembinaan dan pengembangan kedua Perguruan Tinggi khususnya dalam mengemban Tri Dharma Perguruan Tinggi |
| 4 | FKG UGM | 2009 | Kerjasama intuk melaksanakan kegiatan dalam bidang pendidikan kedokteran gigi, penelitian kedokteran gigi dan pengabdian pada masyarakat |
| 5 | FKG Trisakti | 2009 | Pendidikan Dokter Gigi |
| 6 | UNAIR | 2009 | Kerjasama dalam pembinaan dan pengembangan kedua Perguruan Tinggi khususnya dalam mengemban Tri Dharma Perguruan Tinggi |
| 7 | UGM | 2009 | Nota kesepahaman kerja |
| 8 | FT UNDIP | 2008 | Penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat |
| 9 | UII | 2006 | Kerjasama peningkatan pengetahuan, sikap, ketrampilan dan pengalaman peserta program pendidikan serta pengembangan SDM institusi |
| 10 | UNAIR | 2004 | Kerjasama dalam pembinaan dan pengembangan kedua Perguruan Tinggi khususnya dalam mengemban Tri Dharma Perguruan Tinggi |
| 11 | UNDIP | 2004 | Perpanjangan Kerjasama |
| 12 | UNDIP | 1998 | Kerjasama dalam rangka melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi |
| 13 | UNDIP | 1987 | Kerjasama dalam rangka melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi |
| 14 | UNDIP | 1982 | Kerjasama dalam rangka melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi |