Universitas Islam Sultan Agung atau Unissula didirikan oleh Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung (YBWSA) pada tanggal 16 Dzulhijjah 1381 H yang bertepatan dengan tanggal 20 Mei 1962 M.  Nama Sultan Agung diambil dari nama Sultan Agung yang merupakan salah satu pahlawan nasional yang sangat berjasa bagi bangsa Indonesia. Sultan Agung mempunyai nama lengkap Adi Prabu Hanyokrokusumo yang lahir di Kotagede, Kesultanan Mataram pada tahun 1593. Sultan Agung merupakan sultan ketiga Kesultanan Mataram yang memerintah pada tahun 1613-1645. Di bawah kepemimpinannya, Kesultanan Mataram berkembang menjadi kerajaan terbesar di Jawa dan Nusantara pada masanya.

Pemilihan nama Sultan Agung sebagai nama universitas juga tak lepas dari berbagai pemikiran antara lain ia merupakan pemimpin besar yang sangat mencintai bangsa dan negaranya serta sangat gigih melawan berbagai penjajahan. Sultan Agung merupakan seorang raja yang religius dan berkarakter unggul yang mampu mengimplementasikan kehidupan beragama melalui akulturasi budaya yang bisa diterima oleh masyarakat. Oleh karena itu, tidak mengherankan jika jasa-jasa beliau sebagai pejuang dan budayawan mengantarkan nama besar Sultan Agung ditetapkan sebagai pahlawan nasional Indonesia berdasarkan S.K. Presiden No. 106/TK/1975 tanggal 3 November 1975.

Dasar pemikiran tersebut menjadi sebuah hal yang logis menjadikan nama Sultan Agung sebagai nama universitas dan melalui nama tersebut diharapkan akan terus mengobarkan semangat perjuangan membangun bangsa melalui dunia pendidikan dengan nilai-nilai keislaman.