Daftar fakultas, program studi, dan status akreditasi Universitas Islam Sultan Agung.
| No | Fakultas | Program Studi | Jenjang | Akreditasi BAN-PT |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Fakultas Kedokteran | Sarjana Pendidikan Dokter | S1 | Unggul |
| 2 | Profesi Dokter | Profesi | Unggul | |
| 3 | PPDS Sp-1 Penyakit Dalam (SpPD) | Spesialis | Baik | |
| 4 | Magister Biomedik | S2 | Unggul | |
| 5 | Magister Kesehatan Masyarakat | S2 | Baik | |
| 6 | Doktor Ilmu Biomedis | S3 | Baik | |
| 7 | Fakultas Kedokteran Gigi | Sarjana Pendidikan Dokter Gigi | S1 | Unggul |
| 8 | Profesi Dokter Gigi | Profesi | Unggul | |
| 9 | Magister Ilmu Kedokteran Gigi | S2 | Unggul | |
| 10 | Fakultas Farmasi | Sarjana Farmasi | S1 | Unggul |
| 11 | Pendidikan Profesi Apoteker | Profesi | Unggul | |
| 12 | Sarjana Kebidanan | S1 | Unggul | |
| 13 | Pendidikan Profesi Bidan | Profesi | Unggul | |
| 14 | Fakultas Teknik | Sarjana Teknik Sipil | S1 | Unggul |
| 15 | Sarjana Perencanaan Wilayah dan Kota | S1 | Unggul | |
| 16 | Pendidikan Profesi Insinyur | Profesi | Baik | |
| 17 | Magister Teknik Sipil | S2 | Unggul | |
| 18 | Magister Perencanaan Wilayah dan Kota | S2 | Baik | |
| 19 | Doktor Teknik Sipil | S3 | Unggul | |
| 20 | Fakultas Hukum | Sarjana Ilmu Hukum | S1 | Unggul |
| 21 | Magister Ilmu Hukum | S2 | Unggul | |
| 22 | Magister Kenotariatan | S2 | Unggul | |
| 23 | Doktor Ilmu Hukum | S3 | Unggul | |
| 24 | Fakultas Ekonomi dan Bisnis | Sarjana Manajemen | S1 | Unggul |
| 25 | Sarjana Akuntansi | S1 | Unggul | |
| 26 | Sarjana Bisnis Digital | S1 | Baik | |
| 27 | Magister Manajemen | S2 | Baik Sekali | |
| 28 | Magister Akuntansi | S2 | Baik | |
| 29 | Doktor Ilmu Manajemen | S3 | Unggul | |
| 30 | Fakultas Bahasa, Sastra & Budaya | Sarjana Sastra Inggris | S1 | Unggul |
| 31 | Sarjana Pendidikan Bahasa Inggris | S1 | Unggul | |
| 32 | Fakultas Ilmu Keperawatan | Sarjana Ilmu Keperawatan | S1 | Unggul |
| 33 | Profesi Ners | Profesi | Unggul | |
| 34 | Diploma Tiga Keperawatan | D3 | Unggul | |
| 35 | Spesialis Keperawatan Medikal Bedah | Spesialis | Baik | |
| 36 | Magister Keperawatan | S2 | Unggul | |
| 37 | Fakultas Agama Islam | Sarjana Ahwal Syakhsiyah (Hukum Keluarga) | S1 | Unggul |
| 38 | Sarjana Pendidikan Agama Islam | S1 | Unggul | |
| 39 | Magister Pendidikan Agama Islam | S2 | Unggul | |
| 40 | Doktor Pendidikan Agama Islam | S3 | Baik | |
| 41 | Fakultas Keguruan & Ilmu Pendidikan | Sarjana Pendidikan Bahasa & Sastra Indonesia | S1 | Unggul |
| 42 | Sarjana Pendidikan Matematika | S1 | Unggul | |
| 43 | Sarjana Pendidikan Guru Sekolah Dasar | S1 | Unggul | |
| 44 | Pendidikan Profesi Guru | Profesi | Baik Sekali | |
| 45 | Magister Pendidikan Dasar | S2 | Baik | |
| 46 | Magister Pendidikan Bahasa Indonesia | S2 | Baik | |
| 47 | Magister Pendidikan Matematika | S2 | Baik | |
| 48 | Fakultas Teknologi Industri | Sarjana Teknik Elektro | S1 | Unggul |
| 49 | Sarjana Teknik Industri | S1 | Unggul | |
| 50 | Sarjana Teknik Informatika | S1 | Baik Sekali | |
| 51 | Magister Teknik Elektro | S2 | Unggul | |
| 52 | Doktor Teknik Elektro | S3 | Baik | |
| 53 | Fakultas Ilmu Komunikasi | Sarjana Ilmu Komunikasi | S1 | Unggul |
| 54 | Fakultas Psikologi | Sarjana Psikologi | S1 | Baik Sekali |
