Unissula didirikan oleh Yayasan Badan Wakaf Sultan Agung (YBWSA) pada tanggal 16 Dzulhijjah 1381 H, bertepatan dengan 20 Mei 1962 M, Tiga fakultas telah dibuka yakni Fakultas Agama Islam, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Ilmu Pasti Alam. Pada tahun berikutnya didirikan Fakultas Kedokteran (10 Oktober 1963). Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat, dan Fakultas Teknik kemudian menggantikan FIPIA dibuka pada tahun berikutnya, bersama dengan semangat untuk meningkatkan pengetahuan melalui penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi.

Sekarang, Unissula telah berkembang menjadi universitas terkemuka dengan 12 fakultas dan 27 program sarjana (S1) dan 5 program pascasarjana (S2) serta Diploma 3 (D3)

Sebagai salah satu Universitas Islam terkemuka di Indonesia dengan pengalaman selama 55 tahun, Unissula memiliki peran strategis bagi Indonesia dan dunia Islam pada khususnya. Dengan demikian, prestasi di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi harus dicapai serta sumber daya manusia yang berkualitas akan terus diciptakan. Menyelenggarakan pendidikan tinggi islam yang berorientasi pada kualitas dan kesetaraan universal melalui penerapan budaya akademik islami.